先に述べたように、ブリッジや入れ歯のような従来の方法では、歯を削って型取りをすれば、あとはそのブリッジや入れ歯の完成を待つだけです。
一方で、インプラントは骨に埋め込むための手術をしなくてはいけません。

手術自体は入院の必要もありませんし、長くても２時間程度の手術なので、医科の手術に比べると比較的軽い手術ではありますが、どうしても術後は痛みや腫れが伴うことが多くあります。
痛みに関しては、通常、術後に処方する鎮痛剤で緩和されることがほとんどですが、術後の顔の腫れを防ぐことは困難です。当然、どちらも個人差はありますが、術後５〜７日は人前に出たりする仕事や旅行などの遠出は控えた方が良いでしょう。
また、インプラントを埋め込むための十分な骨が不足している場合は、それに伴う解剖学的なリスクが生じてきます。

例えば、下顎の奥歯へインプラントを埋め込む場合、顎の骨の中を下歯槽神経という下唇の周囲の知覚を支配する神経が走行しており、万が一インプラントを入れる穴を掘るためのドリルなどで、その神経を損傷してしまうと、下唇から顎の先（オトガイといいます）にかけて、知覚麻痺（麻酔がずっと効いているような状態）が起こる可能性があります。
程度によっては薬剤療法などで回復することもありますが、大きく損傷してしまう（神経の切断）と元通りになることは難しく、長く後遺症として残る場合もあります。

事実、インプラント治療を巡る医療訴訟で最も多いのはこの「術後の知覚の麻痺」といわれています。
その多くが、神経までの距離を正確に測定するためのレントゲンであるCTを撮影せずに、インプラントの埋め込みの手術を行っていたともいわれています。

また、上顎の奥歯も骨が薄く、上顎洞という副鼻空の一部（蓄のう症などで膿がたまる空洞）が存在します。下顎と違って、神経があるわけではありませんが、その空洞にインプラントが突き抜けてしまうと、問題が起こります。
上顎洞という空洞は鼻の穴とつながっているため、体の内部というよりは、外部と同じ環境であり決して清潔な場所ではありません。
そこに、インプラントが突き出た状態になっているといずれ、上顎洞の中で感染や炎症を起こす可能性があります。

当院では、そのような事故を未然に防ぐためにCTを常設しており、場合によっては手術中に撮影することも可能です。
また、複数の歯科医師による確認後に手術計画を立て、正確な位置へ埋入するようコンピューターシミュレーションを行い、手術用のガイドテンプレートを用いて手術を行うことで、そのような事故を未然に防ぐよう注意を払っています。
また、術後の感染を防ぐためにもできるだけ使い捨て（ディスポーザル）の器具や材料を使用しています。

外科的な処置はインプラントの埋め込みだけではなく、十分な骨量が不足している場合は、骨を増やす処置（骨造成）が必要となります。
骨造成には様々な方法がありますが、骨の残存量によってインプラントの埋め込みと同時におこなうこと場合と、骨造成とインプラントの埋め込みを分けておこなう場合があり、後者の場合、手術回数が増えるため患者さんの負担も大きくなります。

そのため、心筋梗塞の既往や重度の糖尿病を患っている患者さんなどは、医師から手術の許可が得られず、インプラント治療を受けられない場合もあります。

このように、インプラント治療では、他の治療法にはない外科的な処置が必要となるのが２つ目のデメリットといえるでしょう。